Oтделението по Клинична патология е разположено в подземния етаж на болницата и е част от структурата на ДКБ на „МБАЛ –Самоков” ЕООД.

Отделението извършва изработване на хистологични, цитологични препарати, включително хистохимични специални оцветявания, морфологична диагностика на тъканни и клетъчни материали.

Отделението осъществява патологоанатомична диагностика в доболничната помощ и участва в екипите, извършващи профилактични прегледи.

Отделението по клинична патология осъществява контрол върху диагностично –терапевтичната дейност на клиничните отделения в „МБАЛ –Самоков” ЕООД.